2002年擔(dān)任同濟(jì)大學(xué)校長助理，2003年擔(dān)任同濟(jì)大學(xué)副校長(主持工作)，2004年7月起擔(dān)任同濟(jì)大學(xué)校長。還兼任同濟(jì)大學(xué)新能源汽車工程中心主任。萬鋼是第十屆全國政協(xié)常委。2006年任上海市科協(xié)副主席，2006年12月任中國致公黨主央副主席。2007年4月任科學(xué)技術(shù)部部長。2007年12月任中國致公黨主席。2012年12月，擔(dān)任中國致公黨第十四屆中央委員會(huì)主席。